De distilleerderij werd in 1897 door zakenmensen tijdens de whisky "boom" gebouwd onder de nieuw opgerichte firma The Tomatin-Spey District-Distillery Co. In 1906 ging de firma, wegens de verslechterende verkopen, failliet en tot 1909 bleef de distilleerderij gesloten. In 1909 werd Tomatin weer heropend, nu onder de naam The New Tomatin Distillers Co. Ltd. Tijdens de oorlog werd de distilleerderij wegens schaarste van het graan weer gesloten. In 1956 werd het aantal stills van 1 naar 2 verdubbeld. Vanaf 1961 tot 1964 kwamen er nog 5 stills bij en in 1974 werd de distilleerderij geheel gemoderniseerd. De moutvloeren verdwenen en weer werden er stills bijgeplaatst. Tomatin werd hiermee de grootste distilleerderij van Schotland. Na het faillissement in 1985 van Tomatin kwamen in 1986 de aandelen in Japanse handen. Takar Shuzo en Okura & Co werden de nieuwe eigenaren. In het stillhouse van Tomatin staan nu in totaal 23 stills, twaalf wash stills en elf spirit stills, waar er nog maar 12 van in gebruik zijn. Van de 24 washbacks, die van roestvrij staal zijn gemaakt, worden er nog maar 12 gebruikt. Ook wordt er maar 1 mashtun gebruikt. De new spirit laat men in refill sherry als ook in ex bourbon vaten rijpen. Het water dat men gebruikt voor de productie van whisky komt uit de Alt-na-Frith Burn. Deze Burn wordt gevoed door regen en sneeuw afkomstig van de Monadhlaith bergen en mondt uit in de Findhorn rivier, van waaruit het koelwater voor de condensors wordt gehaald. Slechts een kleine hoeveelheid Tomatin wordt als single maltwhisky op de markt gebracht, het grootste deel wordt voor de blended whisky's gebruikt.