De firma werd in 1888 opgericht door Eigashima Shuzo als sake en shochu producent. In 1919 werd een licentie voor de distillatie van whisky verkregen, maar volgens de huidige directeur, Mikio Hiraishi, duurde het nog zeker veertig jaar voor de firma daar daadwerkelijk gebruik van ging maken. De echte whiskygeschiedenis van Eigashima Shuzo begint dus met de stichting van de huidige distilleerderij. Whisky heeft echter niet de hoogste prioriteit, er wordt slechts drie of vier maanden per jaar whisky gedistilleerd. De rest van de tijd wordt gebruikt voor andere producten. Bijgevolg is de productie zeer klein, slechts zo’n 60.000 liter per jaar. De eerste maltwhisky kwam pas in 2007 op de markt en sindsdien zijn er diverse limited releases verschenen. Naar verluid ligt er op dit moment niets in de warehouses dat ouder is dan tien jaar en het meeste zou nog geen vijf jaar oud zijn. Slechts zo’n 3% van de productie wordt als single malt gebotteld.