Bunnahabhain komt uit het Gaelic en betekent " Monding van de rivier". De distilleerderij is gebouwd aan de monding van de Margadele River. De eerste new spirit verliet de distilleerderij in het jaar 1882. Aan de distilleerderij is tot heden weinig veranderd of gemoderniseerd. Men heeft alleen de moutvloeren verwijderd en in 1963 zijn er twee stills bijgekomen. In het stillhouse staan twee wash stills en twee spirit stills. Het zijn betrekkelijk kleine stills en deze worden met stoom verhit. De zes washbacks zijn van Oregon pine. Voor het rijpen van de malts wordt op Bunnahabhain geen specifiek hout gebruikt, om te voorkomen dat die het karakter van de malt te veel beïnvloedt. Er wordt een mix van bourbon, sherry en refill vaten gebruikt. Net zoals alle andere distilleerderijen op Islay betrekt ook Bunnahabhain de mout van de Port Ellen mouterij. Het grote verschil met de andere distilleerderijen op Islay is, dat men op Bunnahabhain de mout niet droogt met turf maar met warme lucht. Zodoende heeft deze Islay malt geen rook- of turfsmaak. Het water om de malt te maken komt uit een waterbron op Margadale Hill gelegen. Het water uit deze bron wordt van grote diepte naar boven gepompt en via een pijpleiding naar de distilleerderij geleid. Dit om te voorkomen dat het water met turf in aanraking komt.