Langs dit gebied stroomt de rivier de Dee, die in de berg Cairn Toul ontspringt en bij Aberdeen uitmondt in de Noordzee. De distilleerderij dankt de naam aan de ± 1150 meter hoge Lochnagar-berg. In 1823 wilde de Britse regering een einde maken aan de vele illegale distilleerderijen rond de rivier de Dee, door een vergunningstelsel in te voeren en ook een forse verlaging van de belastingen aan te kondigen. James Robertson, die een clandestien stokerijtje in Glen Fearden had, vroeg als eerste een vergunning aan. Zijn illegaal opererende collega's zagen dit als verraad en staken zijn distilleerderij in brand. James bouwde echter een nieuwe distilleerderij en noemde deze Lochnagar. In 1841 brandde deze distilleerderij weer af. James gaf het nu op en verkocht de puinhopen aan John Begg, die een nieuwe distilleerderij, New Lochnagar, even ten zuiden van de Dee opende. In 1848 mocht men zich Royal Lochnagar gaan noemen na een bezoek aan de distilleerderij van de gehele koninklijke familie, die toen op Balmoral Castle logeerde. De distilleerderij werd in 1906 grondig verbouwd en na de sluitingen in de oorlog en diverse overnames werd in 1998 de laatste verbouwing verricht. In de distilleerderij staan twee kleinere stills en drie washbacks die van larikshout gemaakt zijn. De stills worden nog met stoom verhit. Men laat de nieuwe spirit rijpen op bourbon-, sherry- en refill vaten. In het bezoekers centrum hangen foto's van de koninklijke familie en er zijn ook de privé- vaten van het koningshuis te bewonderen. Dit bevestigt de nog immer hechte band van de koninklijke familie met hun buur, de Royal Lochnagar distilleerderij. Het water betrekt men voor het bereiden van de whisky van de hellingen van de Lochnagar berg. Dit water wordt in het meer Loch Muick verzameld en wordt via een pijpleiding naar de distilleerderij getransporteerd. Het water voor de koeling van de condensors haalt men uit het gegraven meer achter de distilleerderij.